Η Μονή ανεγέρθη, σύμφωνα με την κτητορική επιγραφή υπεράνω της πύλης της στα χρόνια του Αυτοκράτορος Μιχαήλ Ζ’ Δούκα (1077) στα τέλη της μεσοβυζαντινής περιόδου και γρήγορα ανεδείχθη σε θρησκευτικό κέντρο μεγάλης ακτινοβολίας, θέση που διατηρεί μέχρι και σήμερα, αποκαλούμενη “η Αγία Λαύρα της Ρούμελης”. Το χαρακτηριστικό της όνομα, Βαρνάκοβα ή Βερνίκοβα (ή Βερνίκωβα), είναι πιθανόν σλαβικής (σερβικής ή ρωσικής) προέλευσης.
Ιδρυτής της ήταν ο Όσιος Αρσένιος ο Βαρνακοβίτης, μοναχός, με καταγωγή από τις Καρυές Δωρίδας. Στα χρόνια του Αλεξίου Α’ Κομνηνού, ολοκληρώθηκαν οι εργασίες κατασκευής του ναού ενώ στα πρώτα χρόνια βασιλείας του Μανουήλ Κομνηνού ιδρύθηκε και δεύτερος ναός.

Ένα από τα σημαντικότερα θρησκευτικά κέντρα της Ρούμελης αποτελεί η Ιερά Μονή Βαρνάκοβας, αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Η Μονή βρίσκεται στο νοτιοδυτικό άκρο του νομού Φωκίδας, στο Δήμο Ευπαλίου, 25 περίπου χιλιόμετρα βορειοανατολικά της Ναυπάκτου, στον παλαιό δρόμο του Λιδωρικίου. Είναι κτισμένη πάνω σε έναν μικρό λόφο στις παρυφές των Βαρδουσίων Ορέων και σε υψόμετρο 750 περίπου μέτρων, μέσα σε πυκνό δάσος από δρυς και αγριοκαστανιές, με πλουσιότατη θέα προς την ορεινή Ναυπακτία, τη Δωρίδα, το Όρος Γκιώνα και τον ποταμό Μόρνο.

Η φροντίδα και η αγάπη των Αυτοκρατόρων για την ιερά μονή της Βαρνάκοβας εκδηλώθηκε όχι μόνο από την μεγαλοπρέπεια με την οποία περιέβαλαν τον ναό και τις αφιερώσεις που του χάρισαν αλλά και από το γεγονός ότι αποτέλεσε τον τόπο ενταφιασμού τους.
Στον ναό της Παναγίας ετάφη ο Αλέξιος Α’ ο Κομνηνός, ο Εμμανουήλ Πορφυρογέννητος ενώ σωζώμενη πέτρινη λάρνακα φέρει την επιγραφή «Σεβαστοκράτωρ Αννα και Κωνσταντίνος Κομνηνοί».

Στα χρόνια της πτώσης της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας η μονή πυρπολήθηκε.
Τον 16ο αιώνα έως και τις αρχές του 18ου ανέλαβε θέση σχολαρχείου.
Παρόλη τη λεηλασία που υπέστη στα χρόνια της Τουρκοκρατίας, δεν έπαψε να αποτελεί ορμητήριο Κλεφτών και των Αρματωλών της Ρούμελης.
Λίγο μετά την έξοδο του Μεσολογγίου, πηγές μαρτυρούν πως πολιορκήθηκε από τις δυνάμεις του Κιουταχή και τελικά ανατινάχθηκε.

Περί τα 1831 η βασιλική της Παναγίας της Βαρνάκοβας ανοικοδομήθηκε ξανά με προσωπική δαπάνη του κυβερνήτου, Ιωάννη Καποδίστρια ο οποίος αποτελεί τον δεύτερο κτήτορα της.

Με την ίδρυση του νέου Ελληνικού κράτους η μονή επαναλειτούργησε χωρίς ωστόσο να κατέχει την ίδια έκταση
Το Μοναστήρι με την ευρύτερη περιοχή ανήκε μέχρι το 1833 στην Ιερά Μητρόπολη Ναυπάκτου και όχι στην Επισκοπή Λιδωρικίου της Μητρόπολης Λαρίσης.
Ο ναός της Θεοτόκου ο οποίος χρονολογείται περί τα 1148, ανήκει στον τύπο της Τρίκλιτης Βασιλικής με τρούλο.

Η σημερινή βασιλική, όπως κατασκευάστηκε περί τα 1831, είναι τρίκλιτη κεραμοσκεπής, από λαξευτούς λίθους.

Στην μονή επίσης σώζεται και η τοιχογραφία της Παναγίας της Οδηγήτριας (τεχνοτροπικός τύπος Παναγίας αριστεροκρατούσας) Σύμφωνα με τις μελέτες του Αρχαιολόγου Ορλάνδου, η τοιχογραφία η οποία σήμερα σώζεται στον ναό, ανήκει στην υστεροβυζαντινή περίοδο.

Το δάπεδο του ναού αποτελείται από μαρμαροθετήματα του 11ου αιώνα και ο κυρίως χώρος του ναού από τοιχογραφίες του 19ου.

Το Μοναστήρι υπέστη σοβαρές ζημιές από το σεισμό του 1995 που έπληξε την ευρύτερη περιοχή της Φωκίδας και τα τελευταία χρόνια ανακαινίσθηκε. Μεταβλήθηκε σε γυναικείο και υπηρετείται από 13 μοναχές και αποτελεί το θρησκευτικό κέντρο της περιοχής. Στο Τείχιο, στις 16 Αυγούστου, διοργανώνεται η γιορτή της πίτας όπου προσφέρονται πίτες και κρασί και ακολουθεί γλέντι.

Ανάμεσα στα αξιοθέατα του Μοναστηριού, δεσπόζει η εικόνα της Παναγίας Βαρνάκοβας. Η εικόνα φέρει εμφανές ράγισμα κατά μήκος του προσώπου τής Θεοτόκου, το οποίο σύμφωνα με αυτόπτες μάρτυρες δημιουργήθηκε από τοπικό σεισμό που συνέβη στις 15 Αυγούστου 1940, την ώρα του τορπιλισμού του ευδρόμου Έλλη στην Τήνο.
Χωρίς αμφιβολία η διαχρονική ακτινοβολία και δράση της μονής Βαρνάκοβας, δικαιώνει την φήμη της περί ανεκτίμητου θησαυρού και δικαιολογεί τον σεβάσμιο τίτλο της ως η Αγία Λαύρα της Ρούμελης.